故事分为两条剧情线: 里昂线(Leon Scott Kennedy)和克莱尔线(Claire Redfield)。
1998年9月29日,新人警官里昂来到莱肯市警察局上任。但是,在进入市区以后却遭遇了被T病毒感染的丧尸。同一时刻,S.T.A.R.S.队员克里斯的妹妹克莱尔,为了寻找失去音讯的哥哥也来到了莱肯市,并且也遭遇了丧尸,正是因此,两人阴错阳差的相遇了。相遇后,两人计划结伴去莱肯市警察局,但在路途中却遭遇了车祸,两人被爆炸的油罐车所引燃的火灾分开了。两人在火焰的两边约定:各自找到去警察局的路,然后在那里碰头,于是,游戏的双剧情线由此展开……
在《生化危机》发售后,三上真司立即开始《生化危机2》的开发工作,并且定于1997年3月发售。在《生化危机2》初版完成至80%时,三上真司对此版本极度不满,于是《生化危机2》被迫重新制作,这个被否决的初版往后被称为《生化危机1.5》。同时Capcom表示《生化危机2》将会同时在Playstation及SEGA Saturn平台上开发。在1998年,最终版本的《生化危机2》在PlayStation平台上率先发售,取得空前的成功。