本作故事设定在1950年代开始,当杀手47号还是特殊调查员时,有个相当特殊的五人团体,这五个人有着相同遭遇的出生背景,他们加入了法国的特殊部队,在私底下研究如何使用让无生命的生物还能够生存作战的病毒程序,虽然最后他们的基地被发现,但是这五个人并没有死,还顺利逃了出去。
另一方面,在罗马尼亚的公立医院当中,有个叫Ort-Meyer的医生成功的研究出能使人类老化速度变慢的血清,这对他们五人团体的研究有着相当大的帮助,当然这个医生变成了许多团体所追杀的目标,而正好47号在欧洲执勤的期间碰到了医生,没多久就被卷入了血清争夺战当中。